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目次

1.生物の主要代謝

  1.1 はじめに

  1.2 細胞内のエネルギー

  1.3 糖の分解

  1.4 TCA回路

  1.5 補充反応

  1.6 呼吸

  1.7 ペントースリン酸経路

  1.8 糖新生

  1.9 嫌気的代謝の概要とエントナー-ドゥドロフ経路

2.遺伝子およびタンパク質発現からみた細胞の代謝

  2.1 はじめに

  2.2 細胞の培養特性

  2.3 解糖系の遺伝子およびタンパク質発現

  2.4 ペントースリン酸経路の遺伝子およびタンパク質発現

  2.5 エントナー-ドゥドロフ経路の遺伝子およびタンパク質発現

  2.6 発酵代謝物生成経路の遺伝子およびタンパク質発現

  2.7 TCA回路およびグリオキシル酸経路の遺伝子およびタンパク質発現

  2.8 タンパク質発現と酵素活性との相関

3.代謝量論式に基づく代謝解析

  3.1 はじめに

  3.2 量論式による表現

  3.3 代謝フラックス分布の計算

  3.4 一般的な場合の代謝フラックス分布の計算および代謝解析例

4.NMRやGC-MSを利用した同位体分布の測定と代謝フラックス比解析

  4.1 NMR

  4.2 NMR信号と確率変数の導入

  4.3 NMRによる代謝フラックス解析

  4.4 代謝フラックス比解析

  4.5 NMRを利用した大腸菌細胞の代謝フラックス比解析例

  4.6 GC-MSを利用した代謝フラックス比解析

5.同位体を利用した代謝フラックス分布解析

  5.1 はじめに

  5.2 位置表記に基づく代謝フラックス解析

  5.3 同位体表記による代謝フラックス解析

  5.4 同位体分布の非定常補正

  5.5 解析的手法による代謝フラックス解析

  5.6 代謝フラックス分布解析例

6.統計処理による代謝フラックス分布の信頼限界と実験計画

  6.1 はじめに

  6.2 統計解析と推定した代謝フラックスの信頼区間

  6.3 解析的方法による統計解析

  6.4 フラックスの決定と信頼限界

  6.5 統計解析

  6.6 同位体実験の最適実験計画

  6.7 ピークスケーリングファクタの最適推定

  6.8 感度解析

  6.9 最適実験計画

7.統合的代謝解析と遺伝子欠損株の代謝特性

  7.1 はじめに

  7.2 pck遺伝子欠損株の代謝解析

  7.3 pgi遺伝子欠損株の代謝解析

  7.4 zwf遺伝子欠損株の代謝解析

  7.5 ppc遺伝子欠損株の代謝解析

  7.6 pyk遺伝子欠損株の代謝解析

  7.7 pfl遺伝子欠損株の代謝解析

8.遺伝子発現の調節制御

  8.1 はじめに

  8.2 cAMP-CRPと糖消費

  8.3 Craによる代謝調節

  8.4 FnrとArcA/Bシステム

  8.5 fadR遺伝子と脂肪酸や酢酸の生成と分解

  8.6 npoS遺伝子による調節

  8.7 酸化ストレス応答

  8.8 遺伝子発現調節構造

9.バイオインフォマティクスとシステム生命科学からみた代謝解析

  9.1 はじめに

  9.2 データベースとネットワーク

  9.3 代謝信号線図とその応用

  9.4 代謝フラックス分布の最適化と遺伝子組換え大腸菌によるPHB合成

  9.5 逆フラックス解析による代謝律速経路の探索

  9.6 代謝制御解析とリジン生産のための律速代謝経路

  9.7 代謝調節構造の最適化(設計)

  9.8 細胞のモデリングとシミュレーション

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