資料詳細

目次

1 はじめに:計算分子生物学とは

  1.1 物質としての生命,情報としての生命

  1.2 ボトムアップとトップダウン・アプローチ

  1.3 階層性と粗視化

  1.4 マルチスケールシミュレーションの道具立て

  1.5 システム的アプローチ

2 量子化学の基礎と展開

  2.1 分子軌道法

  2.2 電子相関と密度汎関数法

  2.3 フラグメント分子軌道法

  2.4 生体分子の大規模第一原理シミュレーション:インフルエンザウイルス

3 古典力学的分子シミュレーション

  3.1 分子動力学法と統計力学

  3.2 分子モデリングと力場

  3.3 環境効果

  3.4 生体分子ダイナミクスと機能解析

  3.5 専用計算機によるタンパク質フォールディングのシミュレーション

4 粗視化シミュレーション

  4.1 粗視化の基本的考え方

  4.2 空間領域における粗視化

  4.3 時間領域における粗視化:共鳴的振舞いの場合

  4.4 粗視化モデルの非平衡熱力学

  4.5 細胞レベルのシミュレーション

5 応用例Ⅰ:構造ベース創薬

  5.1 インシリコ創薬の基礎:リガンド結合自由エネルギー

  5.2 ヴァーチャル・スクリーニングとドッキング・シミュレーション

  5.3 リガンド相互作用解析とクラスタリング

  5.4 今後の課題

6 応用例Ⅱ:光合成系

  6.1 光合成シミュレーションの考え方

  6.2 励起エネルギー移動と電子移動

  6.3 光合成のマルチスケールシミュレーション

  6.4 今後の課題

7 おわりに:計算生命科学の統合シミュレーションに向けて

  7.1 「生命シミュレーション」が目指すもの

  7.2 あらためて「生命とは何か」

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