資料詳細

目次

1.分子生物学とトランスクリプトーム解析の基礎

  1.1 ゲノムとは

  1.2 DNAシークエンサー

  1.3 RNA・タンパク質・遺伝子とは

  1.4 トランスクリプトームとは

  1.5 ゲノムアノテーション

  1.6 RNAシークエンシング

  1.7 本章のまとめ

2.トランスクリプトームアセンブリ

  2.1 配列アセンブリ

  2.2 de novoトランスクリプトームアセンブリ

  2.3 リファレンスベースドアセンブリ

  2.4 コンティグの機能アノテーション

  2.5 本章のまとめ

3.リードマッピング

  3.1 力まかせな文字列探索

  3.2 高速なリードマッピング

  3.3 スプリットリードのマッピング

  3.4 本章のまとめ

4.発現量の定量

  4.1 アライメントベースな発現量定量化

  4.2 アライメントフリーな発現量定量化

  4.3 5'端・3'端RNA‐seqにおける発現量定量

  4.4 本章のまとめ

5.発現変動解析

  5.1 アノテーションに基づく発現変動解析

  5.2 スプライシング変動解析

  5.3 ポリアデニル化サイト変動解析

  5.4 新規転写単位・構造の検出

  5.5 バイアスの補正

  5.6 本章のまとめ

6.高次解析

  6.1 「生物学的特徴」を表す遺伝子セット

  6.2 エンリッチメント解析

  6.3 レギュロン解析

  6.4 本章のまとめ

7.次元圧縮

  7.1 層別化医療と次元圧縮・クラスタリング

  7.2 主成分分析

  7.3 ラプラシアン行列に基づく次元圧縮

  7.4 SNE,symmetric SNE,t‐SNE

  7.5 ポアンカレ埋め込み

  7.6 遺伝子選択

  7.7 本章のまとめ

8.クラスタリング

  8.1 k‐means法

  8.2 グラフカットとスペクトラルクラスタリング

  8.3 DBSCAN

  8.4 Louvain法

  8.5 本章のまとめ

9.1細胞RNA‐seq解析

  9.1 なぜ1細胞か

  9.2 細胞種の同定

  9.3 擬時間解析

  9.4 RNA velocity

  9.5 細胞間相互作用の推定

  9.6 1細胞RNA‐seqにおける発現変動解析

  9.7 本章のまとめ

10.発展的な計測技術

  10.1 超多検体RNA‐seq

  10.2 1細胞RNA‐seqからマルチモーダル計測へ

  10.3 ゲノム編集を利用した技術

  10.4 空間トランスクリプトーム

  10.5 ダイレクトRNAシークエンシング

  10.6 本章のまとめ

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